解放日报•上观新闻记者获悉,中国科学院上海药物研究所联合浙江大学和北京协和医院等多家单位,首次解析了新冠病毒重要药靶RNA复制酶结合瑞德西韦的高分辨冷冻电镜结构,以及瑞德西韦抑制RNA延伸的机制,为基于病毒基因的复制酶的抗新冠病毒药物以及广谱抗病毒药物研发提供了理论机制和结构基础。国际权威学术刊物《科学》于北京时间2020年5月1日在线发表了这一研究成果。
新冠病毒是一种正链RNA病毒,是目前已知RNA病毒中基因组最大的。新冠病毒主要通过黏膜系统侵染人体细胞,进入细胞后,病毒基因开始翻译病毒复制所需蛋白。病毒的大量复制需要其遗传物质RNA的迅速合成,其核心元件是RNA复制酶,这是冠状病毒复制的核心组成部分。
新冠肺炎目前尚无特效药物。对病毒生命周期至关重要的酶是极好的抗病毒药物靶点。其中,RNA复制酶是许多核苷类药物的主要靶点。目前正在临床测试的多个核苷类药物,包括瑞德西韦,就是靶向RNA复制酶。瑞德西韦是一种前药形式,在体内被代谢成三磷酸形式的活性产物,才能引起病毒RNA链延伸过程的错配或终止。
为了阐述瑞德西韦等核苷类药物抗病毒的精细机制,上海药物研究所联合浙江大学、北京协和医院等多家单位,经过46天的日夜奋战,成功解析新冠病毒RNA复制酶2.8 Å分辨率的单独结构,以及结合RNA和抑制剂瑞德西韦分辨率为2.5 Å复合物的冷冻电镜结构。经过综合研究和分析,新冠病毒RNA复制酶在复制RNA延伸过程中,构象变化小,是一种非常高效的酶,这解释了新冠病毒的高度传染能力。RNA复制酶识别RNA而不识别DNA,并且结合RNA没有序列特异性。
研究阐述了瑞德西韦如何进入复制活性中心并共价插入病毒基因组,从而抑制病毒复制,从结构上解释了瑞德西韦的抗病毒机制;对比分析其他多种RNA病毒,包括脊髓灰质炎病毒、丙型肝炎病毒和流感病毒等,其活性中心高度相似,显示RNA复制酶在基因复制过程中的相似机制,该复合物结构为广谱抗病毒药物的研发提供了结构基础。
瑞德西韦复合物结构为当前其它在研的潜在抗病毒药物研发提供了结构依据,有助于研究潜在的结合方式,为设计更强大更高效更特异性的抗新冠病毒药物提供理论支撑。
此外,此次解析的结构还为建模和改造核苷酸类药物提供了一个坚实的模板。这些结果为更有效设计下一代抗新冠病毒抑制剂提供了结构基础。